علي لاريجاني در جلسه شوراي عالي انقلاب فرهنگي كه در نبود رئيسجمهور رياست آن را بهعهده داشت، پيشنهاد جديدي داد كه سه عضو هيات امناي دانشگاه آزاد كه قرار بود به پيشنهاد شورا معرفي شوند، در روشي متفاوت توسط هيات موسس دانشگاه آزاد و از بين اعضاي شوراي عالي انقلاب فرهنگي انتخاب شوند.
به گزارش فارس شوراي عالي انقلاب فرهنگي در جلسه 11 آبان خود مقرر كرده بود كه هيات امناي دانشگاه آزاد علاوه بر شخصيتهاي حقوقي، يعني وزراي علوم، تحقيقات و فنآوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي يا نمايندگان آنها، رئيس نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاهها يا معاون وي و رئيس دانشگاه به عنوان دبير هيات امنا، با معرفي پنج نفر از اعضاي هيات علمي تماموقت دانشگاهها در مرتبه دانشياري يا بالاتر به پيشنهاد و تصويب شوراي عالي انقلاب فرهنگي و همچنين چهار نفر از اعضاي هيات موسس دانشگاه آزاد تشكيل شود كه حتما يك نفر از آنها روحاني باشد، اما با تصميم و تصويب جديد شوراي عالي انقلاب فرهنگي، دو نفر از گزينههاي پيشنهادي شوراي عالي انقلاب فرهنگي و يك نفر از گزينههاي پيشنهادي هيات موسس دانشگاه آزاد كم شده و تعداد 13 نفره هيات امنا به 10 نفر كاهش يافته است تا در نهايت سه نفر از اعضاي هيات علمي دانشگاهها با مرتبه علمي دانشيار و بالاتر به انتخاب اعضاي شوراي عالي انقلاب فرهنگي و 3 نفر از اعضاي هيات موسس دانشگاه آزاد كه يكي از آنها حتما بايد روحاني باشد، انتخاب شود.
بعد از تصويب اين موارد و اعتراضات هيات موسس دانشگاه آزاد مبني بر باقي بودن شائبه دولتي شدن هيات امناي دانشگاه آزاد، اجراي اساسنامه اين دانشگاه براي معرفي رئيس جديد همچنان متوقف مانده است.