درآمد های دولت از فرایند هدفمند کردن یارانه ها در سه بخش کلی  هزینه می شود که یکی از مهمترین آن سه بخش ، بخش صنعت است . دولت موظف است 30 درصد از درآمد خود از محل یارانه ها را در بخش صنعت هزینه کند تا در فرایند افزایش تولید در کشور تحولی ایجاد کند و صنایع را از رکود امروزی بیرون آورد .

حال اعضای بخش خصوصی که صنعت کشور در حد زیادی مدیون خدمات آنها می باشد ایرادات بسیاری را بر رونداجرایی طرح و تخصیص این 30 در صد به صنعت وارد آورده اند برای مثال یک عضو اتاق بازرگانی در پاسخ به این سوال که 30 در صد تعلق گرفته به صنعت می تواند جوابگوی مشکلات این بخش باشد و آیا اصلا کمکی می کند گفت :  قطعا نه! چرا که فراگیر نخواهد بود و تعداد کارخانه‌هایی که یارانه به آنها داده خواهد شد زیاد نیست. پرسش ما این است که هزینه‌های حمل‌ونقل، پرسنل و... را چه کسی خواهد داد؟

مخبر کمیسیون اقتصادی مجلس در پاسخ به این سوال که اجرای طرح چه تاثیری بر فعالیت های بنگاه های صنعتی می گذارد گفت :  تاثیر این قانون بر بخش‌های تولیدی و صنعتی بیشتر خواهد بود؛ چراکه حذف یارانه‌های بخش تولید و واقعی شدن قیمت حامل‌های انرژی، قیمت تمام شده کالاها و خدمات در بخش صنعت را افزایش داده و با این روند کالاهای تولید داخل از قدرت رقابت‌پذیری کمتری در مواجهه با کالاهای وارداتی برخوردار خواهند بود.

از سوی دیگر این امر تسهیل و تشدید روند واردات کالاهای صنعتی و مصرفی را که از قیمت تمام شده کمتری نسبت به کالاهای داخلی برخوردار هستند به‌دنبال دارد.

در شرایط کنونی با توجه بر رکود حاکم در بازار و کمبود نقدینگی بنگاه های صنعتی ظرفیت‌های خالی بسیار در بخش صنعت و مشکلات موجود برای تامین منابع مالی این بخش در این شرایط، آسیب‌های اجرای قانون هدفمند کردن یارانه‌ها بسیار بیشتر خواهد بود.

تاثیر افزایش سطح عمومی قیمت‌ها و واقعی‌شدن نرخ حامل‌های انرژی در برخی صنایع و کالاهای تولیدی بخش صنعت و معدن که انرژی بر هستند بیش از سایر بنگاه‌های تولیدی خواهد بود و صنایع معدنی مانند آلومینیوم و فولاد تاثیر‌پذیری بیشتری از این شرایط خواهند داشت. به‌طور کلی به‌نظر می‌رسد وضعیت بخش صنعت و معدن از شرایط فعلی به‌مراتب بدتر خواهد شد؛